Spør en biolog
Brukernavn:
Passord:
Lagre passord
Glemt passordet ditt?
Hovedside | Brukerprofil | Registrering | Nye innlegg | Spørreundersøkelser | Mine bokmerke | Private meldinger | Hva skjer | Fotogalleri | Artslista | Medlemmer | Søk | Hjelp

 Alle fora
 Spør en biolog
 Spør om sopp
 Sekvensering av sopp for amatører
 Nytt emne  Ny avstemning Ny avstemning
 Svar på emne
 Skrivervennlig versjon Bookmark this Topic BookMark Topic
Forfatter Tidligere emne Emne Neste emne  

PerV
Aktiv deltaker

2346 Innlegg

Skrevet - 17/05/2017 :  09:42:49  Vis profil  Besøk PerVs hjemmeside Send PerV a Private Message  Svar med kopi av melding
Her er det muligheter for amatører til å få soppfunn sekvensert og det er så vidt jeg forstår gratis.
http://ascofrance.com/search_forum/48875

Per V.

Redigert av - PerV den 17/05/2017 09:43:59

agaricus45
Aktiv deltaker

4228 Posts

Skrevet - 17/05/2017 :  16:30:18  Vis profil Send agaricus45 a Private Message  Svar med kopi av melding
Ser lite nyttig ut for de som vil ha en artsbestemmelse av sitt funn. Forstår det slik:

UNITE ønsker sjeldne arter som ikke finnes i UNITE-basen fra før eller er sjeldent sekvensert. Må altså helst vite hva man sender, altså identifisert før funnet blir sendt.

Følger av dette at ikke aktuelt å sende ukjente funn som blir sekvensert og tolket, bl.a ved BLAST i GenBank som er en sentral databank. Du får altså ikke bestemt et hvilken som helst funn du vil vite navnet på. Heller ingen fylogentisk analyse.

Sekvenseringen er begrenset til ITS og delvis LSU. Er slekter der dette ikke er nok for å bestemme art.

Kanskje du følger opp for å få en avklaring om korrekt oppfattet, PerV?
Gå til toppen av siden

PerV
Aktiv deltaker

2346 Posts

Skrevet - 18/05/2017 :  19:17:34  Vis profil  Besøk PerVs hjemmeside Send PerV a Private Message  Svar med kopi av melding
Jeg må understreke at dette har jeg ikke særlig innsikt i og ville bare videreformidle informasjonen om dette tilbudet. Jeg oppfatter det også omtrent som du beskriver. Samtidig ser jeg at de har sekvensert veldig mange som bare er bestemt til slekt. Og da kan en jo enkelt kjøre en BLAST i GenBank og se om en får noen treff. (Jeg har prøvd dette for noen sekvenser som ligger i UNITE og det fungerer helt fint.)

Per V.
Gå til toppen av siden

agaricus45
Aktiv deltaker

4228 Posts

Skrevet - 18/05/2017 :  20:20:46  Vis profil Send agaricus45 a Private Message  Svar med kopi av melding
Ja, det går nok bra. Har ikke prøvd selv, men antar du da får filene fra UNITE i riktig format eller har programmet for å åpne de. Jeg får sekvenser som standard .ab1-format, men ser noen tranformerer til fas.-format. Men dette har jeg liten erfaring med siden laboratoriet gjør alt arbeidet uten at jeg trenger å tolke. Som du vet er det heller ikke bare å BLASTe, men må være kritisk til resultatet og til hvem som er referanse. Finnes ofte mange "lineages" for samme art, og da må man være kritisk til hvilke "autor" man har tillit til. Mengder av gale artsbestemmelser(og altså korresponderende sekvenser) i GenBank,så bør ha god erfaring. Vet ikke om UNITE vil hjelpe med dette. Kan høres besnærende å få en sekvens og et navn, men så enkelt er det ikke. Har mange "artsbestemmelser" fra sekvensering, men som åpenbart er feilbestemmelser. Sekvensering må generelt også sees i sammenheng med makro/mikro, så er ingen "quick-fix". Sier dette bare for å unngå at noen blir skuffet. Men er det gratis, så kan det jo verdt å prøve.
Gå til toppen av siden

PerV
Aktiv deltaker

2346 Posts

Skrevet - 18/05/2017 :  22:48:34  Vis profil  Besøk PerVs hjemmeside Send PerV a Private Message  Svar med kopi av melding
Ja, helt enig Øyvind, sekvensering er ikke hokus pokus! En av de få soppene jeg har fått sekvensert kom i første omgang ut som 100 % treff på 2 forskjellige arter, og uten eksperthjelp hadde den ikke blitt sikkert bestemt.

Per V.
Gå til toppen av siden

PerV
Aktiv deltaker

2346 Posts

Skrevet - 19/05/2017 :  17:26:48  Vis profil  Besøk PerVs hjemmeside Send PerV a Private Message  Svar med kopi av melding
Jeg kontaktet Karl-Henrik Larsson. UIO, som sitter i styre for UNITE og spurte om han hadde noen kommentarer til hva UNITE kan tilby med link til denne tråden. Fikk svar nå som han sa jeg kunne legge ut på Spør en biolog:

Det är riktigt som ni har uppfattat det att UNITE erbjuder sig att sekvensera identifierat material av arter som inte redan är representerade i Genbank eller i UNITE. Många amatörmykologer är ju verkliga experter på sina svampgrupper men har kanske inte alltid möjlighet att få hjälp med sekvensering för att reda ut artkomplex eller andra problem. Här finns alltså en möjlighet och det är också därför man kan hålla resultaten låsta en tid så att man hinner publicera det som är intressant.

UNITE är ju i första hand en databas för identifiering och det är därför fokus ligger på ITS regionen som med sin stora variation är lämplig för att skilja arter åt. Men om det finns behov av att också få data från den mer långsamt evolutionerande LSU regionen (för fylogenetisk analys av släkt- och familjerelationer) så tror jag man kan diskutera den saken med UNITE teamet.

UNITE innehåller inte bara egna sekvenser utan också alla Genbanks ITS sekvenser som passerar de kvalitetsfilter UNITE använder (med en viss eftersläpning från det att de publicerats i Genbank). Det är därför en fördel att göra BLAST sökning i UNITE istället för i Genbank. Det går också att få ut enkla fylogenetiska träd i UNITE och dessutom presenteras data om varje sekvens på ett mer överskådligt sätt än i Genbank. Genom att registrera sig hos UNITE så kan man också få tillgång till andra intressanta analysverktyg.


Per V.
Gå til toppen av siden
  Tidligere emne Emne Neste emne  
 Nytt emne  Ny avstemning Ny avstemning
 Svar på emne
 Skrivervennlig versjon Bookmark this Topic BookMark Topic
Snarvei:
Spør en biolog © © 2001 BIO Gå til toppen av siden
Denne sida ble genererert på 0,36 sekunder. Snitz Forums 2000